M&Aで薬局を譲渡する場合、いくらで評価してもらえるのでしょうか？逆にM&Aの話が持ち込まれた際に、買い手として、いくらくらいの金額を提示すればよいのでしょうか？

価値を算定する際に最もよく使われる算式が下記のものです。

また、調剤薬局特有の尺度ですが、月平均の調剤技術料○ヶ月分というような考え方もよくされています。

基本的な考え方としては、まずは売り手オーナーの譲渡希望条件があり、買い手候補と交渉を重ねて最終合意した（できた）価格が譲渡価額ということになります。将来見通し、タイミング、交渉力、持ち込み先の的確さなどの要因で価値はかなり変わってきます。
そのあたりがまさに仲介会社の腕の見せ所といえるでしょう。

条件が満額回答の場合もあれば、希望と乖離する場合もありますが、相場の範囲での売買であれば、通常は希望が通ると考えて良いでしょう。
逆に相場から逸脱した価格では候補先は出てきませんし、高く買いすぎたことでM&A自体も失敗する可能性が高くなります。

M&Aが失敗すると手数料が入る仲介会社と譲渡代金の入る売り手オーナーはハッピーかもしれませんが、買い手そして残った社員は不利益を蒙ることになり非常に後味の悪い結果になってします。

事業を承継するため、薬局を残していくためにM&Aを行なうわけですから、後に残る従業員からも感謝されるような良いM&Aにしたいものです。